Las causas de la narcolepsia no se conocen bien. La enfermedad aparece preferentemente en personas portadoras de ciertos genes, incluso si estos no son suficientes para desencadenar la enfermedad.

Un neurotransmisor (l'hipocretina) ubicado en el cerebro, podría ser una de las causas de la narcolepsia. Sin embargo, otros factores podrían estar involucrados, como ciertos procesos autoinmunes, enfermedades virales, trauma cerebral o alguna sustancias tóxicas.