El alergias al chocolate son posibles incluso si son Rares. El fenómeno alérgico en este caso proviene de las proteínas del cacao. La persona alérgica que lo consume experimenta dificultad para respirar, tiene dolores de cabeza, erupciones cutáneas, taquicardia, picazón y sensación de ardor en el estómago.

Estos síntomas también se pueden observar en personas alérgicas a los elementos que componen el chocolate (nueces, proteínas de la leche, etc..), aunque, por tanto, no son realmente alérgicos al cacao en sí.