En niños pequeños, en caso de anomalía hormonal, el tratamiento puede consistir en inyecciones de Testosterona, cuya dosis y regularidad son determinadas por el endocrinólogo. Este tratamiento bien seguido aumenta el tamaño del pene. Cuando el micropene es causado por tejidos del pene que son insensibles a la testosterona, este tratamiento hormonal no tiene ningún efecto.

Cuanto antes se detecte el micropene, más rápido se aplica el tratamiento y más eficaz será. El tratamiento también puede ser necesario alrededor de la pubertad. Después de la pubertad, el tratamiento hormonal deja de ser eficaz porque los tejidos ya no reaccionan de la misma forma.

Tratamiento quirúrgico del micropene     

En la edad adulta, cuando el micropene no ha sido tratado o cuando el tratamiento no ha sido suficientemente eficaz, el cirugía es posible. Sin embargo, no siempre presenta resultados convincentes.

La sección del ligamento suspensorio del pene, que va del pene al pubis. No modifica el pene de ninguna manera, sino que lo separa parcialmente del pubis, haciéndolo parecer más largo. La ganancia observada es de 1 a 2 cm en estado flácido y de 1,7 cm en erección. Este alargamiento se adquiere a costa de un pene erecto inestable, ya que está menos adherido al pubis, lo que puede dificultar la penetración.

EL REINO UNIDOinyección de grasa autóloga implica inyectar la grasa del sujeto debajo de la piel de su pene. Esto no alarga el pene de ninguna manera, pero visualmente lo hace más grueso. Solo una parte de la grasa colocada en su lugar no es absorbida por el cuerpo con el tiempo (del 10 al 50% según el sujeto). La reabsorción puede ser desigual y dar lugar a una apariencia de pene en "rosario".

El micropene puede tener repercusiones psicológicas importantes, especialmente durante la adolescencia, es importante que se ayude a la persona y se tengan en cuenta sus dudas.